轉(zhuǎn)錄組測序
轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的rna的總和,,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。與基因組不同的是,,轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長時(shí)期及生長環(huán)境下,,其基因表達(dá)情況是不相同的。轉(zhuǎn)錄組測序rna-seq是指利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cdna測序,,實(shí)時(shí)定量pcr,,快速地獲取某一物種特定qi官或組織在某一狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本。相對(duì)于傳統(tǒng)芯片而言,,rna-seq無需預(yù)先設(shè)計(jì)探針,,即可對(duì)物種的細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測,能夠提供較的數(shù)字化信號(hào),,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的---工具。
分子與質(zhì)粒載體構(gòu)建
實(shí)驗(yàn)原理
外源dna與載體分子的連接就是dna重組,,---怎么做,,這樣重新組合的dna叫做重組體或重組子。重組的dna分子是在dna連接酶的作用下,,pcr實(shí)驗(yàn)室,,有mg2+、atp存在的連接緩沖系統(tǒng)中,,將分別經(jīng)酶切的載體分子與外源dna分子進(jìn)行連接,。dna連接酶有兩種:t4噬菌體dna連接酶和大腸dna連接酶。兩種dna連接酶都有將兩個(gè)帶有相同粘性末端的dna分子連在一起的功能,,而且t4噬菌體dna連接酶還有—種大腸連接酶沒有的特性,,即能使兩個(gè)平末端的雙鏈dna分子連接起來。但這種連接的效率比粘性末端的連接效率低,,一般可通過提高t4噬菌體dna連接酶濃度或增加dna濃度來提高平末端的連接效率,。
t4噬菌體dna連接酶催化dna連接反應(yīng)分為3步:,t4dna連接酶與輔助因子atp形成酶—amp復(fù)合物,;然后,,酶—amp復(fù)合物再結(jié)合到具有5磷酸基和3---切口的dna上,使dna腺苷化,;后產(chǎn)生一個(gè)新的磷酸二酯鍵,,把切口封起來。
dna重組的方法主要有粘端連接法和平端連接法,,為了防止載體本身的自連,,可以通過(牛堿性磷酸酶)cip處理克服。
連接反應(yīng)的溫度在37℃時(shí)有利于連接酶的活性.但是在這個(gè)溫度下,,粘性末端的氫鍵結(jié)合是不穩(wěn)定的,。因此人們找到了一個(gè)折中溫度,,即12-16℃,連接12-16h(過夜),,這樣既可大限度地發(fā)揮連接酶的活性,,又---到短暫配對(duì)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定。
lncrna測序
長鏈非編碼rnaslong non-coding rnas,,lncrnas一般是指長度大于200 nt的rna,,位于細(xì)胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,,以rna形式在多種層面上表觀遺傳調(diào)控,、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等調(diào)控基因的表達(dá)水平,西藏pcr,,在生命活動(dòng)中具有重要作用,。
長鏈非編碼rna測序long non-coding rna sequencing,lncrna-seq是一種使用特定方法降低樣本中rrna 的豐度,,對(duì)富集到的 rna進(jìn)行---構(gòu)建,,再對(duì)高通量測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。lncrna-seq可---獲得樣本中全部的lncrnas信息,,對(duì)lncrnas的類別,、功能進(jìn)行的深入分析,從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程例如發(fā)育,、---等相關(guān) lncrna信息,。
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