轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的rna的總和,,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段,。與基因組不同的是,實(shí)時(shí)熒光定量pcr,,轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定,。同一細(xì)胞在不同的生長(zhǎng)時(shí)期及生長(zhǎng)環(huán)境下,陜西pcr,,其基因表達(dá)情況是不相同的,。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序rna-seq是指利用第二代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行cdna測(cè)序,快速地獲取某一物種特定qi官或組織在某一狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本,。相對(duì)于傳統(tǒng)芯片而言,,rna-seq無需預(yù)先設(shè)計(jì)探針,即可對(duì)物種的細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測(cè),,能夠提供較的數(shù)字化信號(hào),,更高的檢測(cè)通量以及更廣泛的檢測(cè)范圍,,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的-工具。
蛋白提取
大部分蛋白質(zhì)都可溶于水,、稀鹽,、稀酸或堿溶液,, 少數(shù)與脂類結(jié)合的蛋白質(zhì)則溶于-,、-等有ji溶劑中,,因些,-,,可 采用不同溶劑提取分離和純化蛋白質(zhì)及酶,。
(一)水溶液提取法
稀鹽和緩沖系統(tǒng)的水溶液對(duì)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性好,、溶解度大,、是提取蛋白質(zhì)常用的溶劑,通常用量是原材料體積的1-5倍,,提取時(shí)需要均勻的攪拌,,以利于蛋白質(zhì)的溶解。提取的溫度要視有效成份性質(zhì)而定,。一方面,,多數(shù)蛋白質(zhì)的溶解度隨著溫度的升高而增大,,因此,溫度-于溶 解,,縮短提取時(shí)間,。但另一方面. ,溫度升高會(huì)使蛋白質(zhì)變性失活,,因此,,基于這一點(diǎn)考慮提取蛋白質(zhì)和酶時(shí)一般采用低溫( 5度以下)操作。為了避免蛋白質(zhì)提以過程中的降解,,pcr實(shí)驗(yàn)室,,可加入蛋白 水解酶抑zhi劑(如二yi--,碘yi酸等),。
3,、參數(shù)設(shè)置
使用488nm激發(fā)波長(zhǎng),525nm發(fā)射波長(zhǎng),,實(shí)時(shí)或逐時(shí)間點(diǎn)檢測(cè)-前后熒光的強(qiáng)弱,。dcf的熒光光譜和fitc非常相似,可以用fitc的參數(shù)設(shè)置檢測(cè)dcf,。dcf的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜參考下圖,。
4、其它說明
陽性對(duì)照可以按照1:1000的比例使用,。例如裝載好探針的細(xì)胞共1毫升,,可以加入1微升的陽性對(duì)照-。通常-后20-30分鐘內(nèi)可以觀察到非常-的活性氧水平升高,。對(duì)于不同的細(xì)胞,,活性氧陽性對(duì)照的效果可能有較大的差別。如果在-后30分鐘內(nèi)觀察不到活性氧的升高,,可以適當(dāng)提高活性氧陽性對(duì)照的濃度,。如果活性氧升高得過快,可以適當(dāng)降低活性氧陽性對(duì)照的濃度,。
另外,,對(duì)于某些細(xì)胞,如果發(fā)現(xiàn)沒有-的陰性對(duì)照細(xì)胞熒光也比較強(qiáng),,可以按照1:2000-1:5000稀釋dcfh-da,,使裝載探針時(shí)dcfh-da的濃度為2-5微摩爾/升。探針裝載的時(shí)間也可以根據(jù)情況在15-60分鐘內(nèi)適當(dāng)進(jìn)行調(diào)整,。
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