甲l基化特---的pcr
herman 等 1996 在使用重---酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法,。該方法敏感性高,,主要用于作定性研究,。用------鹽處理基因組dna,,所有未發(fā)生jia基化的胞嘧定被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,,而jia基化的胞嘧定不變,;隨后設(shè)計(jì)針對(duì)jia基化和非jia基化序列的引物進(jìn)行pcr,。通過(guò)電泳檢測(cè)msp擴(kuò)增產(chǎn)物,,如果用針對(duì)處理后jia基化dna鏈的引物能得到擴(kuò)增片段,,則說(shuō)明該位點(diǎn)存在jia基化;反之,,說(shuō)明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在jia基化,。
特點(diǎn):適用范圍廣,能夠檢測(cè)特異位點(diǎn)是否發(fā)生jia基化,。
------鹽測(cè)序法bisulfite sequencing pcr,,bsp
------鹽修飾后測(cè)序法 bsp frommer 等 1992 提出的研究 dna jia基化方法,此方法---性及jing確度高,,能明確目的片段中每一個(gè) cpg 位點(diǎn)的jia基化狀態(tài),。用------鹽處理基因組dna,所有未發(fā)生jia基化的胞嘧ding被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,,而jia基化的胞嘧ding不變,。隨后設(shè)計(jì)bsp引物進(jìn)行pcr,實(shí)時(shí)定量pcr,,在擴(kuò)增過(guò)程中尿嘧定全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧定,,zui后對(duì)pcr產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序就可以判斷cpg位點(diǎn)是否發(fā)生jia基化,稱(chēng)為bsp-直接測(cè)序法,。將pcr產(chǎn)物克long至載體后進(jìn)行測(cè)序,,可以提高測(cè)序成功率,安康pcr,,這種方法稱(chēng)為bsp-ke隆測(cè)序法,。
特點(diǎn):jing確度高,能夠準(zhǔn)確檢測(cè)出jia基化的程度百分比,。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)
操作步驟
1.在冰浴中,,按以下次序?qū)⒏鞒煞旨尤胍粺o(wú)菌0.5ml離心管中。
1qpcr buffer
5 μl
dntp mix( 2mm )
4 μl
引物1(10pm)
μl 2
引物2 ( 10pm)
2μl
taq酶(2u/ul)
1 μl
dna模板( 50ng-1μg/μl )
1 μl
加ddh2o至
μl 50
視pcr儀有無(wú)熱蓋,不加或添加石蠟油,。
2.調(diào)整好反應(yīng)程序,。將上述混合液稍加離心,pcr檢測(cè),,立即置pcr儀上執(zhí)行擴(kuò)增,。-般:在93°c
預(yù)變性3-5min ,進(jìn)入循環(huán)擴(kuò)增階段: 93°c 40s***58°c 30s***72°c 60s ,,循環(huán)30-35
次,,后在72°c保溫7min。
3.結(jié)束反應(yīng),, pcr產(chǎn)物放置于4°c待電泳檢測(cè)或-20°c長(zhǎng)期保存,。
4. pcr的電泳檢測(cè):如在反應(yīng)管中加有石蠟油,實(shí)時(shí)熒光定量pcr,,需用100ul進(jìn)行抽提反應(yīng)混合液,,以
除去石蠟油;否則,直接取5- 10μl電泳檢測(cè),。
單細(xì)胞測(cè)序英語(yǔ):single cell sequencing采取優(yōu)化的下一代dna測(cè)序技術(shù)ngs檢測(cè)單細(xì)胞的序列,,可以獲得特定微環(huán)境下的細(xì)胞序列差異以方便研究其功能差異等。對(duì)個(gè)體細(xì)胞的dna測(cè)序可以幫助我們了解例如在中的小范圍細(xì)胞的變異,;對(duì)其進(jìn)行rna測(cè)序可以幫助我們了解和鑒別不同的細(xì)胞類(lèi)型與其表現(xiàn)的基因,,對(duì)研究發(fā)育生物學(xué)等有較大裨益。
分離單細(xì)胞
在全基因組擴(kuò)增和測(cè)序前,,有很多方法可以分離細(xì)胞個(gè)體,,其中流式細(xì)胞術(shù)facs較為常用。個(gè)體細(xì)胞可以用顯微操作來(lái)收集,,這樣較為快捷而且成本較低,,但是比較有技術(shù)難度,而且顯微鏡下對(duì)細(xì)胞的錯(cuò)誤分類(lèi)容易影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果,。激光捕獲顯微切割技術(shù)lcm亦可以用來(lái)收集單細(xì)胞,。但是盡管激光捕獲顯微切割可以保留樣本細(xì)胞在組織中的空間位置,但是捕獲單細(xì)胞的時(shí)候容易連帶周?chē)?xì)胞的物質(zhì),。高通量的細(xì)胞個(gè)體分離還可以使用微流控技術(shù),。微流控技術(shù)和流式細(xì)胞技術(shù)都能準(zhǔn)確而自動(dòng)地分離無(wú)偏樣本。但是,,兩種方法都要求首先將細(xì)胞從其為環(huán)境中脫離,,因此可能在rna表達(dá)分析中造成對(duì)轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的干擾。
|